Факультет, который до 2008 года назывался «факультет этнологии», организован А. К. Байбуриным в 1995 году как не имеющая аналогов в России «обучающая аспирантура» в данной области. Предлагаемое факультетом антропологии образование предназначено для тех, у кого уже есть высшее образование в сфере гуманитарных или общественных наук.

Обучение на факультете сочетает в себе идеи и методы этнографии, социальной и культурной антропологии, фольклористики, лингвистики, семиотики. Учебные курсы и исследования на факультете группируются вокруг трех предметных областей: культурной антропологии, фольклористики, социолингвистики, и студенты и слушатели получают возможность приобщиться ко всем из них, не замыкаясь в своей узкой специализации. 

Чаще всего исследования магистрантов и слушателей факультета посвящены изучению какого-либо современного сообщества, выделенного по тому или иному критерию (этническая, религиозная или профессиональная группа, пенсионеры, люди с нарушением слуха, носители определенного языка и т. п.), однако нередко проводятся и исторически-ориентированные исследования, основанные на архивных данных, а также исследования на материале современных записей и классических собраний фольклора.